企业认定高新技术企业后并不是可以高枕无忧了，税务检查导致的补税和缴纳滞纳金的税务风险也导致了高新技术企业资格的维持难度在提升。
高新技术企业认定后常见的税务风险有：
- 科技人员构成比例不达标。
一是科技人员全年工作不达183天；
二是科技人员（含在职、兼职、临时聘用）占职工总数（含在职、兼职、临时聘用）比例未达标。 - 研发费用不足、或者核算不规范，造成研发费用低于规定标准的，不能享受企业所得税优惠政策。
- 高新收入比例不达标、高新技术产品（服务）收入比例占企业当年总收入的60%以上，是高新技术企业认定条件之一；如果企业高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入比例低于这个标准，则无法获得高新技术企业的认定
- 知识产权与主业关联性不大，有些企业取得的知识产权在企业实际经营中很少使用，不具备高新认定管理办法所要求的“核心性”。
- 高新认定中，部分指标是三年合计数计算。但在申报享受高新技术企业优惠时，须按年备案，且当年各项指标符合高新认定要求。
- 不属于高新技术领域
各企业所处行业和实际情况存在很大差异，事实上并无完美的统一解决方案。凯信仅能够根据已经掌握的信息和数据，针对目前高新技术企业普遍存在的问题，为高新技术企业提出一些切实可行的应对策略，供广大高新技术企业参考。
高新技术企业认定后税务风险及应对方案
及时申报备案
次年5月31日前向主管税务部门申报优惠备案，同时做好各项留存资料的补充完善。对可能存在争议的高新技术产品（服务）等及时取得科技部门相关认定资料。
重视知识产权的统筹管理。
提升技术含金量。特别是关注相关知识产权与企业主要产品（服务）的关联性，既要保证企业的知识产权符合高新技术企业认定的数量和质量要求，也要注意避免因知识产权分布过于集中导致未来再次申请受到使用次数（II类知识产权仅限使用一次）及有效性的限制。
建立完善企业职工及科技人员清册
正确核算科技人员工资及五险一金，规范员工考勤制度。
建立健全研发费用辅助账
对已申报或已备案的研究开发项目及研究开发费用进行梳理及比照，并确保每年的研发费用符合规定。没有或因财务系统等原因，无法对研发费用进行专账管理的企业，应尽快建立研发费用辅助核算科目，完善相关原始凭证（如出库单、入库单、领料单等），切实满足高新技术企业要求。
突出企业拥有的核心技术
高新技术企业的核心要件是通过研发活动取得核心技术，并在此基础上开展后续的经营。因此，企业是否拥有核心技术对于认定高新技术企业而言至关重要。不少科技企业虽然通过研发活动获取核心技术，但是其提交的高新申报资料中却很难体现其拥有的核心技术。如某科技公司提供的高新申报资料中，其只在研发项目情况表的项目名称中简单的提到了该企业的技术，在核心技术和创新点部分的技术描述笼统概括，很难体现技术的独特性。
重视研发活动的持续性
根据法律规定，高新技术企业应当持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权。
虽然有关规定仅对高新技术企业的核心自主知识产权、科技成果转化能力在总量上有规定，即并未要求高新技术企业每年都必须进行研发活动并形成相应的知识产权，但在实际高新评审过程中，如果企业申报的知识产权和科技成果转化过于集中临近高新申报前的某一时间段，主管机关将会对企业是否持续的开展研发活动产生合理怀疑。
事实上，企业提交的高新申报资料在诸多方面均可体现研发活动的持续性，如企业研发项目的起止时间、知识产权的申请日期、各年度的研发费用状况、产品购销合同或技术服务合同的签订日期、研发项目立项报告的审批时间等。
相对于企业提供的购销合同、研发活动立项报告，如果企业能够提供连续几年的、由有关科技部门出具的多份《企业研究开发项目鉴定意见书》，这对主管机关判断企业研发活动的真实性和持续性而言，具有更高的参考意义。
证实研发费用的真实性
《认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管机关认定高新技术企业的一项核心指标。然而在高新申报资料中，只有近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告与此有关，上述资料在证明企业研发费用的真实性方面存在一定的局限性。
我们认为如果企业能够进一步提供每个研发项目的研发费用辅助核算账目，即通过从人员人工、直接投入、折旧费用与长期费用摊销等各个会计科目及每个会计科目下每项费用的具体支出时间和支出使用情况、凭证情况全面反映企业研发费用的支出情况，这将有力的证实企业研发费用归集的准确性和可靠性。
注重知识产权的多样性
《工作指引》对于知识产权采用分类评价方式，区分为I类和II类，I类知识产权创造性要求更高、认定程序更为严格，转化后的价值更高。
对于按II类评价的知识产权在申请高新技术企业时，仅限使用一次。企业应当前瞻性的意识到主管机关在知识产权方面的变化和趋势，尽量通过原始取得的方式获取发明专利，并根据企业的实际经营情况，兼顾知识产权的多样性。
提高研发组织管理水平
企业的研发组织管理水平的提高有赖于研发流程的优化和研发管理制度的完善。由于企业研发组织管理涉及研发项目的全过程，在此我们仅以研发机构和设备方面为例。
在研发机构及设备投入方面，有的企业做的相对不足，甚至出现生产设备和研发设备混同的情况。但也有不少企业在此方面表现得异常卓越。如研发机构设置方面，某科技企业在其研发中心设立时，专门邀请了所在行业内诸多知名人士发表主题演讲，并隆重的举行了揭牌仪式，颇具影响力。如研发设备投入方面，某科技企业在其高新申报资料中列明的主要研发实验设备包括高速搅拌机（德国进口）、双螺杆造粒机（德国进口）、真空干燥机（德国进口）、分纤机（日本进口）、高速假捻变形机（法国进口）、短纤实验机（国产）等。
提供最优的证明资料
为证实企业申报资料的真实性，企业在申报过程中应尽量选取一些证明效力较高的文件和资料。如企业签订的技术开发合同可以到当地技术市场管理办公室进行登记备案，以提高相关合同的证明力。如果企业在成果转化部分提供的是购销合同，则最好附上相关凭证，如增值税专用发票等。如果企业在新技术、新产品研发过程中进行了大量的实验，可适当的附上一些实验数据、测试数据、实验报告等资料，以证明研发活动的真实性。
与此同时，企业在申报过程中应当做出适当的取舍，并附上一些能直观体现企业具备研发实力的资料，例如企业获得的官方或第三方（如行业协会）颁发的奖项、证书等，如“国家科学技术进步奖证书”、“中关村高新技术企业”、“海淀区创新企业证书”等。
强化税务备案手续的完备性
由于税务机关在备案环节，将对企业是否切实符合高新技术企业各项要求进行逐一审核，因而提供适当的备案资料，以顺利通过税务机关在备案阶段的审核，对企业享受高新技术税收优惠政策而言至关重要。
然而在实践中，我们遇到一些高新技术企业在获得高新技术企业证书后，未在规定的期限内向主管税务机关申请减免税备案；或者在备案环节，向税务机关提供的备案资料非常零碎，无法有力的证明其符合高新技术企业的各项要求，甚至出现了备案资料多处前后矛盾的情况，这引起了税务机关的怀疑和进一步的核查。
建立高新资格维持的长效机制
许多企业认为只要取得高新技术企业证书，未来三年均可以享受15%的企业所得税优惠税率。因而企业较为关注高新申报前的状况，并尽最大努力使申报期内的企业状况符合高新技术企业要求；对于取得高新技术企业证书后，企业似乎很少再关注高新的事情。
事实上，高新资格认定和复审的评审均依据高新申报前三年的情况，而企业真正享受高新税收优惠政策则为高新申报的后三年，在这三年中，由于市场和外部环境变动等多方面的原因，企业各方面的状况均可能发生巨大的变化。我们曾经遇见一个科技公司，为高新技术企业，公司的经营业绩一直良好，发展也很迅猛。为谋求更大的发展，进一步提升公司的核心竞争力和产品的市场占有率，公司董事会拟筹划上市融资。然而，考虑到上市对公司高新资格的冲击，经多方面的权衡，公司董事会最终暂缓了上市融资计划。
提升高新检查危机化解能力
高新技术企业面临的税务检查风险从未减弱，从中央到地方，各个主管机关的检查可能最终都将牵涉到企业高新资格的检查。多数高新技术企业的危机化解能力非常薄弱，有的高新企业在接到高新检查通知时，就手忙脚乱、不知所措。当然，也有不少企业在高新检查应对方面经验丰富。
那么以上就是凯信知识产权分享的申报高新技术企业认定又怕税务稽查的解决方案了。如果您想申报高企认定。或者还有其他疑问，欢迎咨询我们凯信知识产权。
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